免疫共沉澱（Co-immunoprecipitation，Co-IP）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的，用於研究蛋白質間相互作用的經典方法，是確定兩種蛋白質在完整細胞內生理性相互作用的有效方法。
當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞記憶體在的許多蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。如下圖所示，如果用蛋白質A的抗體免疫沉澱A，那麼與A在體內結合的蛋白質B也能沉澱下來。這種方法常用於測定兩種目標蛋白質是否在體內結合；也可用於確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔。
愛必信生物爆款產品
abs955免疫(共)沉澱(IP/CoIP)試劑盒
，一站式助力您的IP/CoIP實驗！
免疫共沉澱的操作方法本身較為簡單，我們
abs955 IP/CoIP試劑盒
說明書對操作流程有完整說明，但為了獲得更好的實驗結果，相關的實驗步驟需要根據實際情況進行最佳化。
1）裂解和洗滌緩衝液
裂解和洗滌緩衝液是維持複合物形成的關鍵因素。我們試劑盒配備的Lysis buffer使用最佳化的非變性裂解緩衝液，許多蛋白間的相互作用將保持完整。一般認為含有非離子型洗滌劑的低離子強度緩衝液（即<120mM NaCl）不太可能破壞蛋白間的相互作用。另外應避免在洗滌期間用超聲或渦旋處理的方法裂解細胞、裂解物或珠子結合的免疫複合物，以防止破壞複合物間的相互作用。離心過程中應輕柔處理樣品以確保減少複合物的損失。
2）固相支援物beads的選擇
用於免疫共沉澱的固相支援物一般有瓊脂糖珠和磁珠兩種。瓊脂糖珠由於其多孔表面、通常具有更高的結合能力，而磁珠在有條件的實驗室操作相對更簡便。我們的試劑盒配備優質Protein A/G 瓊脂糖珠，有效性經開發試驗充分驗證。
3）非特異性作用的高背景
由於細胞裂解物中存在大量蛋白質，因此在操作過程中可能會發生與目標複合物的非特異性結合。這些非特異性相互作用一般透過徹底清洗珠子結合的免疫複合物來打破，但也可以應用其他策略來最佳化非特異性結合，例如：
（1）、透過將鹽濃度從120mM滴定至1000mM來改變緩衝液的離子強度
（2）、減少一抗的使用量，直到訊號干擾比最大化
（3）、參考我們推薦的操作步驟，進行細胞裂解物預清除（可選步驟）
4）抗體汙染（IgG交叉反應）的最佳化
免疫共沉澱Co-IP中常遇到的問題是在WB分析中來自抗體IgG條帶的干擾，IgG的輕重鏈在25kD和50kD左右，並且在SDS-PAGE中可能會有<5kD的偏移。針對這種情況可以採用以下幾種方法進行最佳化：
（1）、IP和WB採用不同來源抗體，IP為鼠源則WB可以選用兔抗。
（2）、採用特異性識別IgG輕鏈或者重鏈的二抗，如目的蛋白與IgG輕連結近、則可採用重鏈二抗。
（3）、運用交聯劑將IP抗體和Protein A/G -Beads交聯，透過新增不含巰基乙醇的加樣緩衝液處理目的蛋白-抗體- （4）、Protein A/G-beads複合物，最後離心去除複合物，上清中只留下目的蛋白。
（5）、將常用的融合標籤摻入用於Co-IP主要靶蛋白中時，預固定的抗融合標籤抗體可用於蛋白質複合物純化。
WB分析前，可以考慮採用低pH洗脫來代替煮沸，低pH值（2-3）可以降低抗原/抗體相互作用、從而將抗原和抗體分離（如1M甘氨酸緩衝液，pH 2-3），注意電泳前需平衡pH。
