對於蕨類植物的分類系統,由於植物學家意見不一致,過去常把蕨類植物作為一個門,其下5個綱,即松葉蕨綱、石松綱、水韭綱、木賊綱(楔葉綱)、真蕨綱。
前四綱都是小葉型蕨類植物,是一些較原始而古老的蕨類植物,現存在較少。
真蕨綱是大型葉蕨類,是最進化的蕨類植物,也是現代極其繁茂的蕨類植物。我國的蕨類植物學家秦仁昌將蕨類植物分成5個亞門,即將上述5個綱均提升為亞門。