獨石仔遺址出土的動物遺骸,有牙齒、角和破碎的骨骼,各文化層均有,其中以下文化層所出最多。
動物種屬有獼猴、馬蹄蝠、鼯鼠、板齒鼠、家鼠、小靈貓、金貓、長尾麝香狸、果子狸、南方豬獾、無頸鬃豪豬、中國黑熊、水獺、豹、犀、貘、野豬、水鹿、麂、水牛等,其中犀與貘為絕滅種。介殼的種屬有圓田螺、大川蜷、短溝蜷、蚌等。
此外,還發現有魚椎骨和棗核。
出土兩具基本完整的人類頭骨化石,藍田金絲猴、桑氏鬣狗、武陵山大熊貓、小豬、李氏野豬、中國貘、中莊|屎、三門馬等20餘種哺乳動物化石
動物的遺骸有牙齒、骨頭、角、毛。