資料分析 | 科研製圖·火山圖（Volcano plot)
關鍵詞：火山圖、差異表達分析、GEO資料庫
2020。05。19谷中某角落
司言：聽說隔壁山的火山噴發了！
一鳴：啥？
人類基因組計劃
完成了
司言：火山！你知道嗎？會噴的那種！
一鳴：知道，基因資料！處理不完的那種
司言：哎，一鳴你這啥耳朵哦，讓我給你講
火山圖
？
01初探火山圖
不允許還有人不知道火山圖長什麼樣 | 圖源網路
司言：火山圖
看起來就是擁有高階名字的
散點圖加顏色加三條線！
一鳴：那你知道火山圖怎麼看？拿來幹什麼的？差異表達分析又是什麼嗎？
司言：不知道，我只知道你會失去一個女朋友！
一鳴：誒！司言別走呀！
聽我給你講個故事
火山圖大概就是這麼來的 | 圖源新醫谷
不知道什麼是
KEGG/GO
資料庫？
想知道更關於
FC和P值的資料
，評論區問呀！
02 試讀火山圖
對
用Cas-II-gly處理的宮頸癌細胞
與
未處理的宮頸癌細胞
進行基因差異表達分析，探究Cas-II-gly（
銅基化療化合物
）促進癌細胞凋亡的機制。
Odds是指某事件發生的可能性（機率）與不發生的可能性（機率）之比。這裡和P值意義一樣，體現
資料統計學
意義。
圖源 | 文獻 Doi：10。1371/journal。pone。0054664。t001
原文獻解讀
C區的紅點
顯示宮頸癌細胞在用CAS處理後
顯著過表達
的基因，
A區的綠點
是在處理後
表達顯著下調
的基因。透過影象可知在已鑑定的多個基因中，共產生
1037個差異性表達基因
。
對這些差異基因進行進一步篩選分析，或許可以發現銅基化療化合物是如何悄悄殺死癌細胞，為臨床腫瘤治療提供新思路。
一鳴：小司言，你之前篩選的資料要做個差異分析嗎？
司言：你要幫我嗎？做完5。20那天才有空
03資料作圖
作火山圖僅需要兩步
資料下載
&
Origin作圖
資料下載
基因資料
可以是實驗室委託測序公司進行測序及資料整理；也可來源於偉大的網際網路，比如去
NCBI資料庫和其子庫GEO
下載整理好的資料！（真是便宜了一大波白嫖黨）
NCBI資料庫介紹 | 圖源新醫谷
心動嗎？
被ta的十多個子庫嚇到了嗎？
別怕，火山圖只需
GEO資料庫
GEO資料庫介紹 | 圖源新醫谷
下面就是
白嫖資料
的具體步驟
↓ ↓ ↓
資料下載步驟 | 圖源新醫谷
找好資料
開啟我們心愛的
Origin
利用Origin作圖
Origin火山圖繪圖步驟 | 圖源新醫谷
圓滿完成
Origin真是好看又實用！
參考文獻
1。
葉衛平
。Origin9。1科技繪圖及資料分析【M】武漢。
機械工業出版社
2。Yuan Li， Jiali Dong， Huiwen Xiao， Shuqin Zhang， Bin Wang， Ming Cui & Saijun Fan （2020）： Gut commensal
derived-valeric acid
protects against
radiation injuries
， Gut Microbes，
3。Marx，H。，C。E。 Minogue， et al。 （2016）。 “A proteomic atlas of the legume Medicago truncatula and its nitrogen-fixing endosymbiont Sinorhizobium meliloti。” Nat Biotechnol。
作者：X-Land啟思科研組
配圖：X-Land漫說醫學組
排版：司言的一鳴
