植物科學常用資料庫和生物資訊學工具 2020正式版

對於所有開展植物科學相關研究的科研工作者和學生群體而言，各類資料庫和分析平臺的建立和更新維護為植物的組學、功能、進化以及遺傳育種等方面研究提供了豐富的資源，具有重要的理論指導意義和應用價值。透過總結目前已有的植物科學相關的資料庫資源和分析平臺，調查其使用頻率和應用程度，可以為大家更好地開展科研工作提供便利。

Mol Plant植物科學公眾號在今年6月份推出了《植物科學常用資料庫和生物資訊學工具調研2020版》，收到大家的廣泛關注和積極評論，也被各大植物科學公眾號分享轉載。透過大家的交流和留言及MP團隊的後期收集，我們補充更新了一些沒有關注到的資源，進一步整合後推出《植物科學常用資料庫和生物資訊學工具 2020正式版》分享給大家。

News

通用資料庫

http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/

國家基因庫

下屬資料庫，涵蓋各種生物的全面公開可用的資料資訊

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

美國國家

生物技術

資訊中心的生物醫學和基因組資訊入口網站

https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13

牛津大學出版社

提供的植物科學相關資料庫的彙總網站

http://abc.gao-lab.org/index.php

北京大學應用生物資訊學中心

https://www.expasy.org/

瑞士生物資訊研究所的生物資訊資源入口網站，涵蓋各種生物研究資料庫和軟體工具

http://www.bioinfo.wsu.edu/

作物基因組、遺傳和育種研究的分析計算工具和資料庫

https://www.agbiodata.org/

農業生物資料庫和相關資源綜合平臺

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

植物

比較基因組學

資源庫

https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

植物比較

基因組學

資料庫

http://www.plantontology.org

整合植物基因組學、表型和遺傳學資料的共享型平臺

http://harvest.ucr.edu/

作物EST序列及相關分子資訊資料平臺

http://www.gramene.org/

用於作物和模式物種的比較功能基因組學分析的綜合平臺

https://www.uniprot.org/

蛋白質序列和功能資訊資源資料庫和分析平臺

http://urgi.versailles.inra.fr/

針對有農學意義的植物研究生物資訊平臺

http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#

GO分析工具包和資料庫綜合平臺

http://www.bioinformatics.nl/AraQTL

基於Web的用於表達定量性狀位點（eQTL）研究的工作臺和資料庫

http://www.plantgdb.org/

植物基因組序列資料庫

https://mpss.danforthcenter.org/index.php

二代測序（NGS）資料庫，包括植物的RNA和基因組資訊資源

http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp

植物基因組資料庫

http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates/

植物

染色質

狀態資訊資料庫

http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home

植物snoRNA基因資料庫

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

植物順式調控元件、增強子和抑制子資料庫

http://metacrop.ipk-gatersleben.de

作物代謝途徑資料庫

http://podb.nibb.ac.jp/Organellome

植物器官研究資料庫

http://www.drastic.org.uk

植物細胞的訊號轉導分析資料庫

http://www.pathoplant.de

植物-病原體相互作用的訊號轉導相關物質成分資料庫

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

植物轉錄因子資料庫

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

植物轉錄因子資料庫

http://psorf.whu.edu.cn/

植物小型開放閱讀框架（sORF）資料資源庫

http://uorflight.whu.edu.cn/

植物uORF翻譯調控相關資料庫

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1

作物EST資料庫

https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace

植物順式調控DNA元件資料庫

https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/

植物線粒體蛋白運輸元件資料庫

https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm

用於分析蛋白質和代謝途徑的翻譯後修飾資料庫

http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/

穀物特別是水稻和玉米的小RNA資料庫

http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx

擬南芥

和玉米蛋白質組資料庫

http://atted.jp/

基於互秩指數統計特性的植物共表達資料庫

http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/

植物Circular RNAs資料庫

http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi

植物基因編輯資料庫，收集CRISPR / Cas9技術產生植物的資訊

https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php

植物性狀全球資料庫

http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/

植物基因和基因組加倍的資料庫

http://www.mirbase.org/

生物microRNA資料庫

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

植物microRNA資料庫

http://bis.zju.edu.cn/pmirkb/

模式植物擬南芥和水稻的microRNA資料庫

http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl

植物相關微生物的多基因座序列分型和分析資料庫及網站

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA

植物基因集富集分析平臺

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD

植物非編碼RNA資料庫

http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB

植物長非編碼RNA資料庫

http://prgdb.org/prgdb/

植物抗病R基因資料庫

https://www.inetbio.org/aranet/

擬南芥和一些非模式植物的功能基因網路改進資料庫

http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

基於Wiki的植物長非編碼RNAs資料庫

http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi

植物啟動子資料庫

http://www.pmiren.com/

植物miRNA

綜合資料庫

http://www.mbkbase.org/

水稻、小麥和大豆的分子育種資源庫

http://epigenome.genetics.uga.edu/PlantMethylome/

植物DNA甲基化資料庫

http//http://bioinfo.sibs.ac.cn/plant-regulomics

從植物多組學資料中檢索獲取上游調控因子的資料驅動平臺

http://autosnpdb.appliedbioinformatics.com.au/

植物SNP檢索資料庫

http://www.p3db.org/

植物蛋白磷酸化資料庫

http://phytamp.pfba-lab-tun.org/main.php

植物天然

抗菌肽

資料庫

http://bis.zju.edu.cn/pcernadb/index.jsp

植物競爭性內源RNA資料庫

http://www.byanbioinfo.org/plamom/

用於檢索，分析和預測植物移動大分子包括RNA和蛋白質的資料庫平臺

https://cvalues.science.kew.org/

用於獲取和比較植物基因組大小的資料庫

https://plantreactome.gramene.org/index.php?lang=en

植物代謝和調控通路資料庫

http://plantpis.ba.itb.cnr.it/

植物蛋白酶抑制劑資料庫

http://plantdhs.org/

植物DNase I超敏位點資料庫

http://bis.zju.edu.cn/pnatdb/

植物天然反義轉錄本（Natural Antisense Transcripts）資料庫

http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=plantprom&group=data&subgroup=plantprom

植物啟動子資料庫

http://www.sesame-bioinfo.org/PMDBase/

用於研究植物物種和基因組進化中的微衛星DNA和標記開發的資料庫

http://pogs.uoregon.edu/#/

旨在促進有關植物基因功能和基因模型的跨物種推斷的關係資料庫

http://plants.proteincomplexes.org/

植物蛋白複合物組分以及蛋白間穩定互作圖譜資料庫

News

擬南芥

http://www.arabidopsis.org

最為常用的擬南芥遺傳和分子生物學資料資源庫

http://rarge.gsc.riken.jp/

擬南芥cDNA

、突變體和微陣列資料庫

https://1001genomes.org/

1001 Genomes：擬南芥遺傳變異目錄

https://aragwas.1001genomes.org/#/

AraGWAS：用於擬南芥的GWAS標準結果的公共人工管理資料庫

http://www.athamap.de/

擬南芥的全基因組範圍的假定的轉錄因子結合位點資料庫

https://www.gabi-kat.de/

擬南芥的基於側翼序列標籤（FST）的T-DNA插入突變體查詢庫

http://www.plprot.ethz.ch/

擬南芥質體蛋白資料庫

http://seedgenes.org/

擬南芥發育關鍵基因資料庫

http://suba.live/

擬南芥蛋白的亞細胞定位資料庫

http://travadb.org/

基於RNA-seq分析的擬南芥基因表達譜資料庫

http://atrm.cbi.pku.edu.cn/

擬南芥轉錄調控圖譜資料庫

http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/

擬南芥根部單細胞RNA測序資料庫

http://ipf.sustech.edu.cn/pub/athrna/

擬南芥RNA-seq資料資源，可探索20，000多種已釋出的擬南芥RNA-Seq庫

News

水稻

http://www.ricedata.cn/index.htm

國家水稻資料中心

https://omictools.com/bgi-ris-tool

BGI-RIS：水稻以及其他穀類作物和植物基因組研究的資訊資源和分析平臺

http://rapdb.dna.affrc.go.jp/

粳稻日本晴基因組註釋計劃

http://rice.plantbiology.msu.edu/

粳稻日本晴基因組註釋計劃

http://redb.ncpgr.cn/

水稻EST資料庫

http://rmd.ncpgr.cn/

水稻突變體資料庫

http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE

水稻功能基因組表達資料庫

https://tos.nias.affrc.go.jp/

水稻逆轉座子Tos17插入突變資料庫

http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/

水稻T-DNA插入突變資料庫

http://server.ncgr.ac.cn/ricd/

秈稻cDNA

資料庫

https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/

水稻遺傳學和基因組學資料庫

https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/

水稻基因共表達資料庫

https://ricephylogenomics.ucdavis.edu/cellwalls/gt/

水稻糖基轉移酶資料庫

http://rice.hzau.edu.cn/rice/

秈稻基因組的綜合生物資訊學平臺

https://www.genome.arizona.edu/cgi-bin/rite/index.cgi

稻屬和假稻屬的重複序列和轉座因子（TEs）資料庫

https://ricexpro.dna.affrc.go.jp/index.html

水稻表達譜資料庫

http://ricevarmap.ncpgr.cn/v2/

水稻基因組變異及其功能註釋綜合資料庫

https://snpseek.irri.org/index.zul

水稻SNP檢索資料庫

http://funricegenes.ncpgr.cn/

水稻已克隆基因的資料庫

http://ibi.zju.edu.cn/ricerelativesgd/

水稻相關物種基因組資料庫

http://www.elabcaas.cn/rice/index.html

水稻專屬的表觀組學資料庫

News

其他重要植物

http://www.wheatgenome.org/

小麥基因組資訊資料庫

https://www.wheatgmap.org/

小麥

基因圖譜

和資料共享的綜合基因組平臺

http://wheat.cau.edu.cn/TGT/

小麥族

同源基因

資料庫

https://wheatproteome.org/

小麥蛋白質組資料庫

http://202.194.139.32/

小麥組學大資料視覺化網站

http://wheat.pw.usda.gov

小麥族和燕麥屬的分子和表型資訊資料庫

http://wheat.cau.edu.cn/Wheat_SnpHub_Portal/

小麥及其祖先的基因組變異資料庫

http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi

大麥種質資源和基因組分析資料庫

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10::::::

大麥基因組資源平臺

http://maize.jcvi.org/

玉米基因組資料庫

https://www.maizegdb.org/

玉米基因組和遺傳分析平臺

https://www.panzea.org/

玉米及其野生近緣種的基因組工程資源庫

http://bioinformatics.cau.edu.cn/MCENet/

玉米多組學基因網路分析平臺

http://www.zeamap.com/

適應玉米多組學時代的綜合資料庫

https://soybase.org/

大豆基因組學和分子生物學資料庫

http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi

大豆蛋白質組資料庫

http://www.ildis.org/LegumeWeb/

國際豆科植物資料庫和資訊服務

https://www.cottongen.org/

棉花基因組學

，遺傳學和育種資料庫

http://structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/

棉花功能基因組學資料分析平臺

http://magen.whu.edu.cn/

錦葵科比較基因組資料庫

http://structuralbiology.cau.edu.cn/gossypium/

二倍體和多倍體棉花基因網路與功能模組比較分析平臺

http://ted.bti.cornell.edu/

番茄功能基因組資料庫

https://www.inetbio.org/tomatonet/

番茄的複雜性狀挖掘的全基因組協同網路平臺

http://ted.bti.cornell.edu/epigenome/

番茄表觀基因組資料庫

http://tea.solgenomics.net/

番茄基因及其產物的高解析度圖譜和搜尋工具

http://tomexpress.toulouse.inra.fr/

番茄轉錄組資料視覺化和分析平臺

https://solgenomics.net/

茄科物種基因組測序資料庫

http://tropgenedb.cirad.fr/

管理熱帶作物的遺傳和基因組資訊的資料庫

http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml

藥用植物基因組和代謝組資源庫

http://gabipd.org/projects/Pomamo/

馬鈴薯生物資訊資料庫

http://vitisgdb.ynau.edu.cn/

葡萄育種和遺傳資訊綜合資料庫

http://structuralbiology.cau.edu.cn/sorghum/

高梁功能基因組學資料庫

http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/

穀子功能基因組學資料庫

http://pepperhub.hzau.edu.cn/pegnm/

辣椒基因組資訊資料庫

https://www.inetbio.org/wheatnet/

麵包小麥的全基因組規模功能基因網路資料庫

http://brassicadb.org/brad/

重要蕓薹屬作物全基因組規模的遺傳資料庫

http://rapeseed.biocloud.net/home

油菜種質資源遺傳資訊共享平臺網站

http://cbi.hzau.edu.cn/bnapus

甘藍型油菜泛基因組資料庫

http://www.brassicagenome.net/

蕓薹屬作物基因組資料庫

http://cucurbitgenomics.org/

葫蘆科植物基因組資料庫

http://coffee-genome.org/

咖啡基因組學、遺傳學、育種資料和分析工具

http://tropgenedb.cirad.fr/tropgene/JSP/index.jsp

管理熱帶作物基因組，遺傳和表型資訊的資料庫

https://www.rosaceae.org/

薔薇科植物基因組資料庫

News

可用於植物研究的生信工具

https://bio.tools/

生物資訊學和生命科學軟體工具門戶

http://abc.gao-lab.org/tools.php

北京大學應用生物資訊學中心工具庫

https://github.com/CJ-Chen/TBtools/releases

Tbtools：用於生物大資料互動式分析的整合工具包

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

TargetP：亞細胞定位/N端功能肽預測

http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/

EasyGo：提供一系列待查基因的功能註釋以及微陣列探針資訊

http://smart.embl-heidelberg.de/

SMART：蛋白保守結構域預測工具

http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html

GenAlEx：群體遺傳分析軟體

https://mapman.gabipd.org/mapman-download/

MapMan：適用於多組學資料分析的蛋白質分類和註釋框架

https://genevestigator.com/

GENEVESTIGATOR： 轉錄組資料探勘比對雲平臺

http://skl.scau.edu.cn/

CRISPR-GE： 用於CRISPR基因組編輯的便捷軟體工具包

http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/

DSDecode：基於Web的用於對目標突變基因型的序列色譜圖進行解碼的工具

https://github.com/srbehera11/stag-cns

STAG-CNS：一種可用於任意數量物種的順序保守非編碼序列發現工具

http://www.hi-tom.net/FED

FED：基因組編輯外源成分檢測平臺

https://m2sb.org/

GeneCloud：使用語義技術來掃描特定基因列表的基因描述

https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/

MAFFT：線上的序列比對工具

http://wlab.ethz.ch/protter/start/

Protter：線上蛋白結構繪製工具

https://www.evolgenius.info/evolview/

EvolView：用於視覺化，註釋和管理系統樹的網路工具

https://itol.embl.de/

iTOL：用於顯示，註釋和管理系統發育樹的線上工具

https://orthovenn2.bioinfotoolkits.net/

OrthoVenn2：多物種直系同源基因簇比較和註釋線上服務工具

http://bioinformatics.cau.edu.cn/ARSER/

ARSER： 生物節律表達譜波形分析

News

植物研究專用工具

http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm

BAR：植物生物學分析工具平臺

http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/

CRISPR-P： 用於植物基因組編輯的改進的CRISPR / Cas9工具包

https://www.michalopoulos.net/act/

ACT：擬南芥共表達分析工具

http://orygenesdb.cirad.fr/

OryGenesDB：用於水稻反向遺傳學研究的互動式工具

http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress

T-DNA Express：擬南芥基因定位工具

http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/

pssRNAit： 透過全基因組脫靶基因評估設計有效和特異性的植物RNAi siRNA

http://www.personal.psu.edu/sma3/CLIMtools.html

CLIMtools：基於網路的研究擬南芥基因型、表型和環境相關性的互動式資料庫工具

http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/MetGenMAP/home.cgi

Plant MetGenMAP：在生化途徑的背景下全面挖掘和整合基因表達和代謝物變化的網路工具

http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi

iTAK：用於識別和分類植物轉錄因子和

蛋白激酶

的軟體包

http://plantpan2.itps.ncku.edu.tw/

PlantPAN：檢測植物轉錄因子結合位點的工具

http://guoweilong.github.io/SnpHub/

SnpHub：用於探索大規模基因組變異資料的統一的網路伺服器框架