在2009年,Bustin發表了一篇名為“The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments”的文章,其為MIBBI (Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations) 專案的一部分,旨在為作者、審稿人和編輯說明需要在報道qPCR實驗時所需提供的最低資訊標準,以保證實驗的正確性、準確性和可重複性。

根據這篇文章的內容,該專案組提供了一個檢查清單,以幫助作者寫作使用qPCR實驗的文章。

在清單中,標註為E的條目為必要資訊,在文章寫作過程中必須提供,標註為D的條目為可選資訊,在文章提交時,可以提供也可以不提供。

清單的具體內容如下:

實驗設計

必要資訊:

1。 實驗組和對照組的定義

2。 每一組中的樣品數目

可選資訊:

1。 實驗是由作者所在的實驗室完成還是委託其它實驗室完成?

2。 對作者貢獻的感謝

MIQE:實時熒光定量qPCR文章寫作標準

樣品資訊

必要資訊:

1。 樣品如何採集

2。 樣品如何以及在多長時間內被冷凍

3。 樣品如何以及在多長時間內固定化

4。 樣品的儲存條件和儲存時間

可選資訊:

1。 樣品的體積或重量

MIQE:實時熒光定量qPCR文章寫作標準

核酸提取

必要資訊:

1。 核酸提取所用試劑盒及一切操作改動

2。 DNase或RNase處理詳細過程

3。 DNA或RNA汙染評估過程

4。 核酸定量所用的儀器和方法

5。 RNA完整性檢測方法

6。 提取RNA的RIN或RQI值

7。 PCR抑制測試

可選資訊:

1。 核酸提取中所用額外試劑的來源

2。 提取核酸的純度和濃度

3。 瓊脂糖凝膠電泳檢測結果

MIQE:實時熒光定量qPCR文章寫作標準

反轉錄

必要資訊:

1。 完整的反轉錄反應條件

2。 RNA用量和反應體系體積

3。 所用引物和濃度

4。 所用反轉錄酶及其濃度

5。 反應的溫度和時間

可選條件:

1。 試劑的生產廠商和貨號

2。 cDNA儲存條件

3。 反轉錄前後樣品Ct值比較

MIQE:實時熒光定量qPCR文章寫作標準

qPCR靶標資訊

必要資訊:

1。 是否為多重檢測

2。 每一個靶標基因的擴增效率和檢測限

3。 靶標基因的序列識別號

4。 擴增子的長度

5。 擴增子的生物資訊學特異性掃描 (BLAST)

6。 引物在外顯子或內含子上的位置

7。 測定靶標含有哪些可變剪下

可選擇資訊:

1。 qPCR擴增的位置

2。 擴增位置是否含有假基因、反轉錄假基因或其它同源

3。 擴增子與靶基因的序列比對結果

4。 擴增子的二級結構分析結果

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qPCR引物

必要資訊:

1。 引物序列

2。 在參考引物序列上所做的一切修改

可選擇資訊:

1。 引物在RTPrimerDB上的識別號

2。 探針序列

3。 引物的生產商

4。 引物的純化方法

MIQE:實時熒光定量qPCR文章寫作標準

qPCR實驗方案

必要資訊:

1。 完整的反應條件

2。 反應體系的體積以及模板的新增量

3。 引物、探針、Mg離子和dNTP的濃度

4。 所用的聚合酶及其濃度

5。 所使用的緩衝液或試劑盒的名稱和生產廠商

6。 反應體系中的其它新增試劑

7。 完整的溫度迴圈引數

8。 qPCR儀器的生產商

可選擇資訊:

1。 反應buffer中的化學成分

2。 承裝反應體系的管的貨號和生產商

3。 實驗設定方法 (手動/自動)

MIQE:實時熒光定量qPCR文章寫作標準

qPCR的驗證

必要資訊:

1。 qPCR實驗的特異性 (凝膠電泳、序列比對、熔解曲線等)

2。 陰性對照的Ct值

3。 標準曲線的斜率和y軸截距

4。 標準曲線的擴增效率

5。 標準曲線的r2值

6。 標準曲線的定量範圍

7。 在檢測限附近Ct值的變化

8。 qPCR的檢測限

可選擇資訊:

1。 qPCR反應最適化的證據

2。 標準曲線擴增效率和標準差的置信區間

3。 檢測範圍的置信區間

MIQE:實時熒光定量qPCR文章寫作標準

資料分析

必要資訊:

1。 qPCR的分析程式來源和版本

2。 Ct值的確定方法

3。 離群結果的鑑定和處理

4。 陰性對照的結果

5。 內參基因的數目和選擇

6。 標準化方法的描述

7。 每一步技術重複的數目

8。 實驗的可重複性

9。 結果分析的統計學方法

10。 資料分析所用軟體的來源和版本

可選擇資訊:

1。 生物學重複的數目

2。 實驗的再現性

3。 能效分析

4。 Ct值或原始資料上傳RDML

MIQE:實時熒光定量qPCR文章寫作標準

原文連結:

https://www。

jianshu。com/p/410bb9e9e

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