在2009年,Bustin發表了一篇名為“The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments”的文章,其為MIBBI (Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations) 專案的一部分,旨在為作者、審稿人和編輯說明需要在報道qPCR實驗時所需提供的最低資訊標準,以保證實驗的正確性、準確性和可重複性。
根據這篇文章的內容,該專案組提供了一個檢查清單,以幫助作者寫作使用qPCR實驗的文章。
在清單中,標註為E的條目為必要資訊,在文章寫作過程中必須提供,標註為D的條目為可選資訊,在文章提交時,可以提供也可以不提供。
清單的具體內容如下:
實驗設計
必要資訊:
1。 實驗組和對照組的定義
2。 每一組中的樣品數目
可選資訊:
1。 實驗是由作者所在的實驗室完成還是委託其它實驗室完成?
2。 對作者貢獻的感謝
樣品資訊
必要資訊:
1。 樣品如何採集
2。 樣品如何以及在多長時間內被冷凍
3。 樣品如何以及在多長時間內固定化
4。 樣品的儲存條件和儲存時間
可選資訊:
1。 樣品的體積或重量
核酸提取
必要資訊:
1。 核酸提取所用試劑盒及一切操作改動
2。 DNase或RNase處理詳細過程
3。 DNA或RNA汙染評估過程
4。 核酸定量所用的儀器和方法
5。 RNA完整性檢測方法
6。 提取RNA的RIN或RQI值
7。 PCR抑制測試
可選資訊:
1。 核酸提取中所用額外試劑的來源
2。 提取核酸的純度和濃度
3。 瓊脂糖凝膠電泳檢測結果
反轉錄
必要資訊:
1。 完整的反轉錄反應條件
2。 RNA用量和反應體系體積
3。 所用引物和濃度
4。 所用反轉錄酶及其濃度
5。 反應的溫度和時間
可選條件:
1。 試劑的生產廠商和貨號
2。 cDNA儲存條件
3。 反轉錄前後樣品Ct值比較
qPCR靶標資訊
必要資訊:
1。 是否為多重檢測
2。 每一個靶標基因的擴增效率和檢測限
3。 靶標基因的序列識別號
4。 擴增子的長度
5。 擴增子的生物資訊學特異性掃描 (BLAST)
6。 引物在外顯子或內含子上的位置
7。 測定靶標含有哪些可變剪下
可選擇資訊:
1。 qPCR擴增的位置
2。 擴增位置是否含有假基因、反轉錄假基因或其它同源
3。 擴增子與靶基因的序列比對結果
4。 擴增子的二級結構分析結果
qPCR引物
必要資訊:
1。 引物序列
2。 在參考引物序列上所做的一切修改
可選擇資訊:
1。 引物在RTPrimerDB上的識別號
2。 探針序列
3。 引物的生產商
4。 引物的純化方法
qPCR實驗方案
必要資訊:
1。 完整的反應條件
2。 反應體系的體積以及模板的新增量
3。 引物、探針、Mg離子和dNTP的濃度
4。 所用的聚合酶及其濃度
5。 所使用的緩衝液或試劑盒的名稱和生產廠商
6。 反應體系中的其它新增試劑
7。 完整的溫度迴圈引數
8。 qPCR儀器的生產商
可選擇資訊:
1。 反應buffer中的化學成分
2。 承裝反應體系的管的貨號和生產商
3。 實驗設定方法 (手動/自動)
qPCR的驗證
必要資訊:
1。 qPCR實驗的特異性 (凝膠電泳、序列比對、熔解曲線等)
2。 陰性對照的Ct值
3。 標準曲線的斜率和y軸截距
4。 標準曲線的擴增效率
5。 標準曲線的r2值
6。 標準曲線的定量範圍
7。 在檢測限附近Ct值的變化
8。 qPCR的檢測限
可選擇資訊:
1。 qPCR反應最適化的證據
2。 標準曲線擴增效率和標準差的置信區間
3。 檢測範圍的置信區間
資料分析
必要資訊:
1。 qPCR的分析程式來源和版本
2。 Ct值的確定方法
3。 離群結果的鑑定和處理
4。 陰性對照的結果
5。 內參基因的數目和選擇
6。 標準化方法的描述
7。 每一步技術重複的數目
8。 實驗的可重複性
9。 結果分析的統計學方法
10。 資料分析所用軟體的來源和版本
可選擇資訊:
1。 生物學重複的數目
2。 實驗的再現性
3。 能效分析
4。 Ct值或原始資料上傳RDML
原文連結:
https://www。
jianshu。com/p/410bb9e9e
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