在處理fasta檔案的時候我們常常會遇到需要合併多個fasta檔案或者分隔單個fasta檔案成為每個序列一個檔案。這篇文章會告訴你如何做。
合併
Windows系統下，開啟cmd系統。（ctrl+win）
使用cd轉換地址到你需要處理的地方
type *。txt>>all。txt
例如：type A。txt B。txt > AB。txt
2. 分隔
方法一：awk
awk
‘/^>/{s=++num}{print > “example_”s“。fa”}’
example
。
fasta
方法二：python 指令碼
import
sys
def
parseFasta
（
filename
）：
fas
=
{}
id
=
None
with
open
（
filename
，
‘r’
）
as
fh
：
for
line
in
fh
：
if
line
［
0
］
==
‘>’
：
header
=
line
［
1
：］
。
rstrip
（）
id
=
header
。
split
（）［
0
］
fas
［
id
］
=
［］
else
：
fas
［
id
］
。
append
（
line
。
rstrip
（））
for
id
，
seq
in
fas
。
items
（）：
fas
［
id
］
=
‘’
。
join
（
seq
）
return
fas
fas
=
parseFasta
（
sys
。
argv
［
1
］）
for
i
in
fas
：
with
open
（
i
+
“。fa”
，
‘w’
）
as
f
：
f
。
write
（
“>”
+
i
+
“
\n
”
+
fas
［
i
］
+
“
\n
”
）
執行方法：
在cmd下：
python splitFasta。py AB。fasta
你就會得到A。fasta和B。fasta
