在上一期的內容中,我和大家簡單介紹瞭如何從GWAS catalog資料庫中獲取完整的GWAS summary資料,不知道大家有沒有掌握?

今天,我將和大家分享另一個可以下載完整GWAS summary資料的網站(

https://

gwas。mrcieu。ac。uk/

),一看到網址裡的“mrcieu”大家是不是想到這個網站肯定和“TwoSampleMR”包有聯絡。其實這個網站就是“TwoSampleMR”包所依賴的資料庫,將它和“TwoSampleMR”包結合使用可以達到事半功倍的效果。

假設我們現在想尋找BMI(body mass index)的GWAS資料,可以在搜尋欄裡輸入“body mass index”然後回車(如下圖所示):

如何獲取完整的GWAS summary資料(2)------ MRCIEU GWAS資料庫

返回的結果如下圖所示,這裡我們需要關注標紅的“

GWAS ID

”這一欄,它直接告訴你這個表型的ID了,這樣就方便你使用”TwoSampleMR“包進行分析了:

如何獲取完整的GWAS summary資料(2)------ MRCIEU GWAS資料庫

我們不妨點選第一個“ieu-b-40“進去看看,結果如下圖所示,這裡包含該研究的基本資訊,大家重點關注”

Population

“、”

Sample size

“和”

Build

“就行,這個資料沒有提供完整的GWAS summary 資料:

如何獲取完整的GWAS summary資料(2)------ MRCIEU GWAS資料庫

接下來,我們點選“ukb-b-19953“這個資料集,可以發現它提供了VCF檔案,其實這也就相當於提供了完整的資料,大家可以點選”View report“檢視結果報告:

如何獲取完整的GWAS summary資料(2)------ MRCIEU GWAS資料庫

看到這兒,我想大家也明白了,這個資料庫裡的完整GWAS資料可以透過下載VCF和index檔案得到,如果沒提供VCF檔案的,那說明它的完整GWAS summary資料不是公開的或者需要到別處去找(

大機率是非公開的

)。

最後,希望大家都能順利找到自己想要的GWAS資料來進行MR分析,如果有什麼問題歡迎私信我加群交流(微信:MedGen16)。

PS: 與GWAS catalog資料庫一樣,這個網站最好也用國外代理來開啟,這樣會比較快。